Mặc dù Okubo Toshimichi và những người khác năng động và giàu ảnh hưởng hơn trong việc thành lập triều đình Minh Trị, Saigō vẫn giữ vai trò trọng yếu, và sự hợp tác của ông là rất cần thiết trong việc phế phiên, lập huyện và thành lập quân đội theo nghĩa vụ. Bất chấp tiểu sử khiêm nhường của ông, năm 1871, ông được giao nhiệm vụ lãnh đạo triều đình trong lúc Iwakura Tomomi cùng một phái bộ sứ thần sang các nước phương Tây (1871 - 1872).

Saigō Takamori ban đầu là người chống đối việc hiện đại hóa Nhật Bản và mở cửa giao thương với phương Tây. Ông nổi tiếng với việc chống lại xây dựng hệ thống đường ray xe lửa, nhấn mạnh rằng tiền bạc nên chi vào việc hiện đại hóa quân đội.[2]

Tuy vậy, Saigō đã nhấn mạnh rằng Nhật Bản nên khai chiến với nhà Triều Tiên trong cuộc tranh luận Seikanron năm 1873 do Triều Tiên từ chối công nhận tính hợp pháp của Thiên hoàng Minh Trị là người đứng đầu Đế quốc Nhật Bản, và sự đối xử măng tính lăng mạ đưa ra với công sứ Nhật Bản khi cố thiết lập quan hệ thương mại và ngoại giao. Một mặt, ông đề nghị được đi thăm Triều Tiên với tư cách cá nhân và tạo ra một cái cớ gây chiến bằng cách cư xử với thái độ sỉ nhục đến mức mà người Triều Tiên buộc phải giết ông. Tuy vậy, các lãnh đạo khác của Nhật Bản mạnh mẽ chống lại kế hoạch này, một phần vì tình hình ngân sách, và một phần vì nhận thấy sự yếu kém của nước Nhật nếu so với các nước phương Tây nhờ những gì họ đã chứng kiến trong thời kỳ phái đoàn Iwakura. Saigō từ bỏ mọi vị trí trong chính quyền của mình và trở về quê nhà Kagoshima.